ویژگیهای جوامع میکروبی با تاکید ویژه بر جوجه‌ها

اغلب باکتریها بصورت گونه‌های منفرد مورد مطالعه و بحث قرار می‌گیرند.ولی آنها بطور مستقل از باکتریهای اطراف زندگی نمی‌کنند. در حقیقت میکروبها در طبیعت همیشه بصورت جوامع میکروبی ظاهر می‌شوند.

گونه‌های باکتریایی بعنوان اعضاء این اجتماع به یکدیگر و به محیط پیرامون متکی هستند

و بنابراین با روشهای کشت که امروزه معمول است، به آسانی نمیتوان آنها را ایزوله کرد.

بسیاری از باکتریها احتیاجات رشدی دارند که در زیستگاه های طبیعی‌شان و در ارتباط با گونه‌های باکتریایی همزیست، برآورده می‌گردد.

آنالیز اجتماع میکروبی

روش متداول برای شناسایی باکتریها، کشت آنها بر روی محیط کشت انتخابی

و سپس انجام دامنه‌ای از آزمایشات بیوشیمیایی برای شناسایی باکتریهای زنده مانده است.

چنین روشهایی پر زحمت و ناقص است و برای بررسی جامع جمعیت میکروبی مناسب نیست.

احتمالا جدی‌ترین مشکل چنین روشهایی آنست که تنها بخش کوچکی از باکتریها جدا می‌شوند

و بیش از ۹۹% از آنها در شرایط مصنوعی آزمایشگاه رشد نمی‌کنند.

بازیافت پائین بواسطه این حقیقت است که نیازمندیهای رشد اکثر باکتریها هنوز ناشناخته می‌باشد

و در شرایط آزمایشگاه قابل کپی کردن نیست.

جوامع میکروبی مانند جوامع حیوانات آلی هستند که هر گروه باکتریایی، وظیفه تخصصی خود را به عهده دارد

و عناصر حیاتی را برای دیگر باکتریها تدارک می‌بیند.

یک روش جایگزین آن است که باکتریها را کشت ندهیم

بلکه از مطالعه DNA آنها که حاوی تمام اطلاعات مورد نیاز برای شناسایی باکتری است، استفاده کنیم.

تکنیک پروفیل G+C احتمالا تنها تکنیکی است که به کلی مستقل از دانش قبلی ما از توالی  باکتریهاست.

در پروفیل درصد G+C گروههای مختلف باکتریایی در جریان سانتریفوژ،

بر اساس درصد G+C دِ.اِن.اِ کروموزومی‌شان در وضعیت‌های مختلف طبقه‌بندی می‌شوند.

چون هر گونه باکتریایی، درصد G+C  دِ.اِن.اِ کروموزومی مخصوص خود را داراست،

با کمک این روش آنالیز می‌توان درصد G+C هر گونه را در محور Xها و فرآوانی آنها را در محور Yها نشان داد.

یک روش دیگر برای شناسایی باکتریها، دسته‌بندی آنها بر اساس توالی نوکلئوتیدی آنها در نواحی متغیر ژن ۱۶s rDNA آنها خواهد بود.

این روش بطور گسترده‌ای در در طبقه‌بندی باکتریها مورد استفاده قرار گرفته است

و توالی ژن ۱۶s rDNA برای اکثر گونه‌های باکتریایی شناخته‌ شده در پایگاه داده‌های توالی، موجود می باشد.

روش توالی ۱۶s rDNA ظرفیت پذیرش نسبتا پائینی دارد

اما برای توسعه روش‌های با ظرفیت پذیرش بالا نظیر Q-PCR(Quantitative real-time PCR) و FISH(Fluorescence In-situ Hybridisation) ضروری است.

اثر جیره بر روی جمعیت میکروبی دستگاه گوارش

به منظور مشاهده اثر جیره بر پروفیل جامعه میکروبی، ۲۵۶ نمونه از سکوم جوجه‌های گوشتی تغذیه شده با ذرت یا گندم،

از مناطق مختلف جهان مورد آنالیز قرار گرفت.

جیره‌های بر پایه گندم و ذرت گروههای باکتریایی متفاوتی را در سکوم حمایت می‌کنند.

ذرت از clostridia، enterococci و lactobacilli با درصد G+C پائین و گندم از bifidobacteria با درصد G+C بالا حمایت می‌کند.

اپاجلاحتی و همکاران (۲۰۰۴) اثر افزودن گندم کامل را بر روی ساختار جامعه میکروبی سکوم جوجه‌ها مورد مطالعه قرار دادند.

چهار مزرعه در فنلاند که همگی خوراک تجاری از کارخانه‌های مشابه را مصرف می‌کردند مورد مطالعه قرار گرفتند.

دو مزرعه گندم کامل را به جیره تجاری اضافه می‌کردند.

اثر افزودن گندم کامل بر روی ساختار جامعه میکروبی از نظر آماری معنی‌دار بود.

باکتریهای با درصد G+C در دامنه ۳۵ تا ۵۴ بوسیله گندم کامل تحریک شدند 

در حالیکه آنهایی که درصد G+C بین ۶۰ تا ۶۹ داشتند سرکوب شدند.

بنابراین می‌توان از فرآوری گندم بعنوان متعادل کننده جوامع میکروبی استفاده نمود.