ويژگيهاي جوامع ميكروبي با تاكيد ويژه بر جوجه‌ها

اغلب باكتريها بصورت گونه‌هاي منفرد مورد مطالعه و بحث قرار مي‌گيرند.ولي آنها بطور مستقل از باكتريهاي اطراف زندگي نمي‌كنند. در حقيقت ميكروبها در طبيعت هميشه بصورت جوامع میکروبی ظاهر مي‌شوند.

گونه‌هاي باكتريايي بعنوان اعضاء اين اجتماع به يكديگر و به محيط پيرامون متكي هستند

و بنابراين با روشهاي كشت كه امروزه معمول است، به آساني نميتوان آنها را ايزوله كرد.

بسياري از باكتريها احتياجات رشدي دارند كه در زيستگاه هاي طبيعي‌شان و در ارتباط با گونه‌هاي باكتريايي همزيست، برآورده مي‌گردد.

آناليز اجتماع ميكروبي

روش متداول براي شناسايي باكتريها، كشت آنها بر روي محيط كشت انتخابي

و سپس انجام دامنه‌اي از آزمايشات بيوشيميايي براي شناسايي باكتريهاي زنده مانده است.

چنين روشهايي پر زحمت و ناقص است و براي بررسي جامع جمعيت ميكروبي مناسب نيست.

احتمالا جدي‌ترين مشكل چنين روشهايي آنست كه تنها بخش كوچكي از باكتريها جدا مي‌شوند

و بيش از 99% از آنها در شرايط مصنوعي آزمايشگاه رشد نمي‌كنند.

بازيافت پائين بواسطه اين حقيقت است كه نيازمنديهاي رشد اكثر باكتريها هنوز ناشناخته مي‌باشد

و در شرايط آزمايشگاه قابل كپي كردن نيست.

جوامع ميكروبي مانند جوامع حيوانات آلي هستند كه هر گروه باكتريايي، وظيفه تخصصي خود را به عهده دارد

و عناصر حياتي را براي ديگر باكتريها تدارك مي‌بيند.

يك روش جايگزين آن است كه باكتريها را كشت ندهيم

بلكه از مطالعه DNA آنها كه حاوي تمام اطلاعات مورد نياز براي شناسايي باكتري است، استفاده كنيم.

تكنيك پروفيل G+C احتمالا تنها تكنيكي است كه به كلي مستقل از دانش قبلي ما از توالي  باكتريهاست.

در پروفيل درصد G+C گروههاي مختلف باكتريايي در جريان سانتريفوژ،

بر اساس درصد G+C دِ.اِن.اِ كروموزومي‌شان در وضعيت‌هاي مختلف طبقه‌بندي مي‌شوند.

چون هر گونه باكتريايي، درصد G+C  دِ.اِن.اِ كروموزومي مخصوص خود را داراست،

با كمك اين روش آناليز مي‌توان درصد G+C هر گونه را در محور Xها و فرآواني آنها را در محور Yها نشان داد.

يك روش ديگر براي شناسايي باكتريها، دسته‌بندي آنها بر اساس توالي نوكلئوتيدي آنها در نواحي متغير ژن 16s rDNA آنها خواهد بود.

اين روش بطور گسترده‌اي در در طبقه‌بندي باكتريها مورد استفاده قرار گرفته است

و توالي ژن 16s rDNA براي اكثر گونه‌هاي باكتريايي شناخته‌ شده در پايگاه داده‌هاي توالي، موجود مي باشد.

روش توالي 16s rDNA ظرفيت پذيرش نسبتا پائيني دارد

اما براي توسعه روش‌هاي با ظرفيت پذيرش بالا نظير Q-PCR(Quantitative real-time PCR) و FISH(Fluorescence In-situ Hybridisation) ضروري است.

اثر جيره بر روي جمعيت ميكروبي دستگاه گوارش

به منظور مشاهده اثر جيره بر پروفيل جامعه ميكروبي، 256 نمونه از سكوم جوجه‌هاي گوشتي تغذيه شده با ذرت يا گندم،

از مناطق مختلف جهان مورد آناليز قرار گرفت.

جيره‌هاي بر پايه گندم و ذرت گروههاي باكتريايي متفاوتي را در سكوم حمايت مي‌كنند.

ذرت از clostridia، enterococci و lactobacilli با درصد G+C پائين و گندم از bifidobacteria با درصد G+C بالا حمايت مي‌كند.

اپاجلاحتي و همكاران (2004) اثر افزودن گندم كامل را بر روي ساختار جامعه ميكروبي سكوم جوجه‌ها مورد مطالعه قرار دادند.

چهار مزرعه در فنلاند كه همگي خوراك تجاري از كارخانه‌هاي مشابه را مصرف مي‌كردند مورد مطالعه قرار گرفتند.

دو مزرعه گندم كامل را به جيره تجاري اضافه مي‌كردند.

اثر افزودن گندم كامل بر روي ساختار جامعه ميكروبي از نظر آماري معني‌دار بود.

باكتريهاي با درصد G+C در دامنه 35 تا 54 بوسيله گندم كامل تحريك شدند 

در حاليكه آنهايي كه درصد G+C بين 60 تا 69 داشتند سركوب شدند.

بنابراين مي‌توان از فرآوري گندم بعنوان متعادل كننده جوامع ميكروبي استفاده نمود.